Afyon Kocatepe Üniversitesi’nin tarihi 1974 yılında kurularak Eskişehir İktisadi ve Ticari İlimler Akademisi bünyesinde eğitim veren Afyonkarahisar Maliye Muhasebe Yüksekokulu’na dayanmaktadır. 1987 yılına gelindiğinde yüksekokul Afyonkarahisar İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi olarak hizmet vermeye devam ettikten sonra 1992 yılında akademik olarak hizmet vermeye başlayan Afyon Kocatepe Üniversitesi’ne bağlanmıştır. Afyon Kocatepe Üniversitesi eğitim-öğretim faaliyetlerine başladıktan sonra Ege Üniversitesi bünyesinde eğitim veren Uşak Meslek Yüksekokulu, Anadolu Üniversitesi bünyesinde eğitim veren Afyonkarahisar Meslek Yüksekokulu ile Bolvadin Meslek Yüksekokulu da 10 Kasım 1992’den itibaren Afyon Kocatepe Üniversitesi bünyesinde eğitim-öğretim faaliyetlerine devam etmiştir. Ayrıca 1992 yılında eğitim-öğretim faaliyetlerine başlayan Afyonkarahisar Atatürk Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu da üniversite kurulduktan sonra buraya bağlanmıştır. Afyon Kocatepe Üniversitesi’ne bağlanan bu birimlerin yanı sıra Sosyal Bilimler ve Fen Bilimleri olmak üzere 2 yeni enstitü ile Fen-Edebiyat, Teknik Eğitim olmak üzere 2 yeni fakülte kurulmuştur. Tarihsel süreç içerisinde üniversite bünyesinde; 13 fakülte, 2 yüksekokul, 14 meslek yüksekokulu, 3 enstitü ve 1 devlet konservatuarı hizmet vermeye başlamış ve Teknik Eğitim Fakültesi’nin ismi Teknoloji Fakültesi olarak değiştirilmiştir. 2018 yılında 3 fakülte, 3 meslek yüksekokulu ve 1 yüksekokul, Afyon Kocatepe Üniversitesi’nden ayrılarak yeni kurulan Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi’ne bağlanmıştır.
Afyon Kocatepe Üniversitesi’nin merkez ilçede bulunan ve merkez kampüsü olan Ahmet Necdet Sezer Kampüsü ve Afyonkarahisar’a bağlı diğer ilçeler ile Uşak’ta bulunan kampüsler ile birlikte 5 tane yerleşkesi bulunmaktadır. Rektörlüğe bağlı birimlerin de bulunduğu üniversitenin merkez kampüsü olan Ahmet Necdet Kampüsü’nde üniversite bünyesinde hizmet veren 1200 kişilik yurt bulunmaktadır. Ayrıca 11 spor tesisi bulunan üniversitede aktif olarak çalışan 79 öğrenci topluluğu öğrencilere boş zamanlarını değerlendirme imkânı sağlamaktadır.
Günümüzde 5 enstitü, 13 fakülte, 4 yüksekokul, 14 meslek yüksekokulu, 1 devlet konservatuarı ile hizmet veren Afyon Kocatepe Üniversitesi’nde 86 önlisans programında 9534 öğrenci, 81 lisans programında 17458 öğrenci, 161 yüksek lisans programında 2533 öğrenci ve 60 doktora programında 467 öğrenci eğitim almaktadır. Afyon Kocatepe Üniversitesi’nde bulunan lisans ve önlisans programları tabloda verilmiştir.